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一、目錄權限設置很重要:可以有效防范黑客上傳木馬文件. 如果通過 chmod 644 * -R 的話,php文件就沒有權限訪問了。如果通過chmod 755 * -R 的話,php文件的權限就高了。所以就需要分開設置目錄權限和文件權限:
Linux安全防范課程簡介
二、Linux find命令 查找可疑的木馬文件查找:30天內被修改的文件 find  ./  -mtime  -30  -type f  -exec ls -l  {} \; 找到目錄下所有的txt文件 find ./ -name "*.txt" -print 找到目錄下所有的txt文件并刪除 find ./ -name "*.txt" -exec rm -rf {} \; 找到目錄下所有的php文件 并且在30天之類被修改的文件 find  ./ -name "*.php" -mtime  -30  -typef  -exec  ls -l  {} \; 找到目錄下所有的php文件,同時,滿足 30天以內,1天之前的 find ./ -name "*.php" -mtime -30 -mtime +1 -type f -execls -l {} \;Linux安全防范視頻教程

三、通過apache配置限定: 1、apache 下 禁止目錄執(zhí)行php 通過目錄下面放置 .htaccess文件來限制權限。該方法會將php文件當做附件并下載。同時,可以通過瀏覽器訪問到文件。 php_flag engine off
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